Lidé na MENDELUHelp


Na této stránce máte zobrazeny všechny veřejně přístupné údaje o zadané osobě. Některé informace o personálním zařazení a funkcích osoby mohou být skryty.

prof. RNDr. Vojtěch Adam, Ph.D.
Identifikační číslo: 18949
Univerzitní e-mail: vojtech.adam [at] mendelu.cz
 
Akademický pracovník - profesor - Ústav chemie a biochemie (AF)
Prorektor - Mendelova univerzita v Brně
Vedoucí ústavu - Ústav chemie a biochemie (AF)
 
Pracovník bez úvazku (prac. dohoda) - CEITEC MENDELU (AF)

Kontakty     Výuka     Projekty     Publikace     
Orgány     Vedené práce     Konference     

V následujícím souhrnu jsou uvedeny veškeré informace evidované k publikaci.

HADDAD, Y A E. -- ADAM, V. -- HEGER, Z. Rotamer Dynamics: Analysis of Rotamers in Molecular Dynamics Simulations of Proteins. Biophysical Journal. 2019. sv. 116, č. 11, s. 2062--2072. ISSN 0006-3495. URL: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2019.04.017

Originální název: Rotamer Dynamics: Analysis of Rotamers in Molecular Dynamics Simulations of Proteins
Český název:
Autor: Yazan Abdulmajeed Eyadh Haddad, Ph.D.
prof. RNDr. Vojtěch Adam, Ph.D.
Mgr. Zbyněk Heger, Ph.D.
Pracoviště: Ústav chemie a biochemie
Druh publikace: článek v odborném periodiku
Periodikum: Biophysical Journal
Charakter článku: odborný článek
Číslo svazku (ročník): 116
Číslo periodika v rámci svazku: 11
Rok vydání: 2019
Od strany: 2062
Do strany: 2072
Počet stran: 11
Poddruh: článek je obsažen v databázi Web of Science
Kód UT dle Web of Science:
Kód EID dle Scopus:
Forma vydání: tištěná verze (print)
Původní jazyk: angličtina
Popis v originálním jazyce: Given by χ torsional angles, rotamers describe the side-chain conformations of amino acid residues in a protein based on the rotational isomers (hence the word rotamer). Constructed rotamer libraries, based on either protein crystal structures or dynamics studies, are the tools for classifying rotamers (torsional angles)in a way that reflect their frequency in nature. Rotamer libraries are routinely used in structure modeling and evaluation. In this perspective article, we would like to encourage researchers to apply rotamer analyses beyond their traditional use. Molecular dynamics (MD)of proteins highlight the in silico behavior of molecules in solution and thus can identify favorable side-chain conformations. In this article, we used simple computational tools to study rotamer dynamics (RD)in MD simulations. First, we isolated each frame in the MD trajectories in separate Protein Data Bank files via the cpptraj module in AMBER. Then, we extracted torsional angles via the Bio3D module in R language. The classification of torsional angles was also done in R according to the penultimate rotamer library. RD analysis is useful for various applications such as protein folding, study of rotamer-rotamer relationship in protein-protein interaction, real-time correlation between secondary structures and rotamers, study of flexibility of side chains in binding site for molecular docking preparations, use of RD as guide in functional analysis and study of structural changes caused by mutations, providing parameters for improving coarse-grained MD accuracy and speed, and many others. Major challenges facing RD to emerge as a new scientific field involve the validation of results via easy, inexpensive wet-lab methods. This realm is yet to be explored.
Popis v anglickém jazyce:
Popis v českém jazyce:
Rok uplatnění: 2019
Rok odeslání:
Identifikační číslo RIV:
URL: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2019.04.017
 
Záznam vložil: Markéta Hejčová, DiS.
Poslední změna: 07.06.2019 15:19 (Markéta Hejčová, DiS.)

Hodnocení publikace:

12345
        
12345
špatné
 
dobré        nezajímavé
 
zajímavé
Hodnotilo: 0Průměr: -        Hodnotilo: 0Průměr: -
12345
        
12345
laické
 
odborné        teoretické
 
praktické
Hodnotilo: 0Průměr: -        Hodnotilo: 0Průměr: -


Bližší určení zdroje:

Biophysical Journal. Rockville: ISSN 0006-3495.

Originální název: Biophysical Journal
Český název:
Autor:
Druh publikace: časopis
ISSN: 0006-3495
Stát vydavatele: Spojené státy americké
Místo vydání: Rockville
Vydavatel: Biophysical Society
URL: https://www.cell.com/biophysj/home
Recenzovaný časopis: ne
Původní jazyk: angličtina
Popis v originálním jazyce:
Popis v anglickém jazyce:
Popis v českém jazyce:
 
Záznam vložil: Markéta Hejčová, DiS.
Poslední změna: 04.06.2019 09:31 (Šárka Novotná)

Hodnocení publikace:

12345
        
12345
špatné
 
dobré        nezajímavé
 
zajímavé
Hodnotilo: 0Průměr: -        Hodnotilo: 0Průměr: -
12345
        
12345
laické
 
odborné        teoretické
 
praktické
Hodnotilo: 0Průměr: -        Hodnotilo: 0Průměr: -